L'Orto Botanico di Bari è di recente istituzione avendo visto la luce solo nel 1955, dopo che la Facoltà di Scienze ebbe in dotazione una villa alla periferia della città, con annesso suolo agrario di 5.000 mq nell'ambito dell'attuale campus universitario. Con l'istituzione universitaria la città di Bari vede finalmente realizzata un'opera che da oltre un secolo e mezzo i cittadini invano ed a più riprese avevano inseguito.
Il primo Orto Botanico fu effettivamente realizzato nell'agosto del 1813 (Amico, 1958; Messeri, 1965) a seguito di un decreto di Gioacchino Murat del 16 febbraio 1810 con il quale veniva sancito che ogni capoluogo di provincia dovesse avere una Società di Agricoltura (chiamata poi Società Economica) con annesso Orto per la sperimentazione e la produzione di piante agrarie e ornamentali.
Questo primo Orto botanico ebbe vita brevissima in quanto il ritorno dei Borboni sul trono di Napoli costrinse la nata Società ad abbandonare l'appena completata sede e a trasferirsi in locali di fortuna.
Nel 1858, dopo lunghe dispute, il Comune di Bari concede un suolo di 52 moggie in prossimità della costa, dove fu eretto l'edificio della Società Economica con annesso Orto.
Anche questo secondo tentativo di dotare la città di Bari di un Orto botanico fallì per effetto dell'annessione del Regno delle due Sicilie al Regno d'Italia. La caduta dei Borboni comportò prima il decadimento della Società Economica e successivamente, per effetto del decreto di Vittorio Emanuele II dell'11 febbraio 1886, la sua definitiva soppressione.
Non appena l'Istituto di Botanica nel 1955 ebbe la sua sede definitiva nell'area dell'attuale Campus, furono avviati i lavori di ristrutturazione dell'edificio e dell'attiguo suolo agrario, con il risultato che in un quinquennio si ebbe la nascita di un moderno Istituto botanico con annesso Orto, ormai inglobato nella città .
La limitata superficie di terreno ottenuta non consentiva tuttavia l'impianto della flora secondo criteri fisionomici ed ecologici, per cui furono create 9 aiuole distribuite su due livelli con una differenza di quota di appena due metri. Le piante quindi furono distribuite nelle varie aiuole secondo un criterio sistematico rigidamente rispettato all'interno, mentre lungo i bordi dei viali furono poste specie ordinate secondo un criterio ecologico diversificandole a seconda della loro provenienza.
L'ingresso all'Orto fu realizzato al lato orientale del vecchio edificio con un accesso carrabile ed uno pedonale più limitato, da cui si accede ad un ampio spazio arborato che fa da atrio e accesso sia all'Istituto botanico che all'Orto.
| 1924-27 | RIVERA VINCENZO ( 6.4.1890 - ? )* |
| 1927-28 | ARCANGELI ALCESTE ( 8.9.1880 - ? )* |
| 1928-30 | STEFANELLI AUGUSTO ( 1.9.1884 -21.5.1951 )* |
| 1930-37 | CAROLI ANGELO (20.2.1887 - ? )* |
| 1937-39 | LISO ARCANGELO ( 22.6.1898 - 10.12.1981 )* |
| 1939-61 | FRANCINI ELEONORA ( 14.7.1904 - 14.2.1984 ) |
| 1961-64 | MESSERI ALBINA ( 25.8.1904 - 19.1.1972 ) |
| 1964-65 | ARRIGONI ORESTE ( 15.11.1925 ) |
| 1965-66 | SARFATTI GIACOMINO (20.7.1920 - 20.1.1985 ) |
| 1966-74 | ARRIGONI ORESTE ( 15.11.1925 ) |
| 1974-84 | SCARAMUZZI FRANCESCA ( 23.4.1924 ) |
| 1984- | MACCHIA FRANCESCO ( 15.11.1933 ) |
Amico A.,1958 - Cenni storici dell'Orto botanico in Bari. N. Giorn. Bot. It., n. s., LXV (1,2) : 363-369
Messeri A., 1965 - L'Orto botanico di Bari. Orti botanici delle Università italiane. Ist. di Tecnica e Propaganda Agraria. C.N.R., 25-28